Esta es la primera entrega en basarse en la segunda temporada del anime Naruto, titulada "Shippuden". Esta nueva entrega posee 40 personajes, algunos ya vistos antes con sus nuevas imágenes y ataques actualizados, y otros nuevos de la serie. Esta entrega abarca desde el regreso de Naruto y Jiraiya a Konoha hasta el rescate de Gaara; también aparecen personajes que no pertenecen a la trama de la historia de la serie hasta ese momento como Hinata, Kiba, Shino, Asuma, Kakuzu, Hidan, Sasuke y muchos más. Además, es el primero en tener conexión Wi-fi. Para esta entrega se ha mejorado la jugabilidad ademas de poder usar el Game Cube controller, el control clasico y el Wiiremote por si solo. Posee una mayor cantidad de escenarios tanto clásicos como nuevos. Incluye un CD con los temas musicales de este y sus antecesores.
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